Väčšina ihličnanov je považovaná za robustnú, ale stále môže byť napadnutá rôznymi patogénmi. Ohrozené sú najmä stromy života (Tuje) a smreky, napríklad hubami. Mnohé z mikroorganizmov ovplyvňujú rôzne druhy, ale niektoré sú veľmi špecializované.

Choroby spôsobené chybami v mieste alebo starostlivosti
Okrem obyčajného napadnutia škodlivou hubou alebo iným patogénom môže ihličnatý strom ochorieť aj v dôsledku nevhodného umiestnenia a/alebo nesprávnej starostlivosti. Príčiny sa navzájom nevylučujú, ale sú na sebe závislé: mnohé mikroorganizmy radšej napádajú už oslabené stromy, ktoré sa už nedokážu brániť. Aby ste predišli chorobám, mali by ste sa vyhnúť najmä týmto príčinám:
- nevhodné miesta (príliš veľa / málo svetla)
- zhutnená pôda / podmáčanie
- suchá zem
- dlhé, suché obdobia mrazov v zime
- nedostatok živín (zriedkavé)
- nadmerné oplodnenie (častejšie)
Časté parazitárne ochorenia
Ak sa na ihličnane objavia príznaky choroby, môžu mať rôzne príčiny. Ihly sú často postihnuté, hnednú a opadávajú.
Hrdza
Vyskytujú sa rôzne hrdzavé huby, ako je pľuzgierník borovicový a hrdza borievková (tá spôsobuje u hrušiek obávanú latovú hrdzu hruškovú), ktoré bránia transportu vody v kmeni a konároch. Výsledkom je, že infikované časti stromov zhnednú a nakoniec odumrú v dôsledku nedostatočného zásobovania.
ihličkové opálenie
Hnednutie ihličia spôsobuje odumieranie výhonkov a konárov, ktoré spôsobujú rôzne huby. Klinický obraz sa často prejaví na jar, keď jednotlivé hroty výhonkov najskôr zhnednú a potom odumrú.
hniloba koreňov a stonky
Táto choroba, známa aj ako hniloba Phytophthora, je spôsobená pôdnou hubou Phytophthora cinnamomi. K infekcii dochádza najmä v dôsledku podmáčanej pôdy, pričom najskôr hnijú korene a až neskôr kmeň. Typickým znakom sú hubovité, fialové škvrny na koreňoch aj na kmeni.
Odumieranie konárov Pestalotia
Ide o slabého parazita, ktorý postihuje predovšetkým už oslabené ihličnaté stromy. Pestalotia funerea spôsobuje šedivenie špičiek výhonkov.
sivá pleseň
Botrytis cinerea má široké spektrum hostiteľov a nezastaví sa len pri ihličnanoch. Infekcia sa vyskytuje najmä v studených, vlhkých prameňoch a spôsobuje hnednutie mladých, ešte mäkkých končekov výhonkov.
tipy
Niektoré choroby postihujú len určité druhy ihličnanov, pričom nepostihujú susedné stromy. Príčinou sú mikroorganizmy alebo škodcovia, ktorí sa špecializovali na určitých hostiteľov. Typickým príkladom je borovicová búda, kde je zhodená veľká časť ihličia.